物流信息系統(tǒng)從本質(zhì)上講是把各種物流活動(dòng)與某個(gè)一體化過(guò)程連接在一起的通道。

一體化過(guò)程應(yīng)建立在4個(gè)功能層次上：交易、管理控制、決策分析，以及制定戰(zhàn)略計(jì)劃系統(tǒng)。

交易系統(tǒng)是用于啟動(dòng)和記錄個(gè)別的物流活動(dòng)的最基本的層次。交易活動(dòng)包括記錄訂貨內(nèi)容、安排存貨任務(wù)、作業(yè)程序選擇、裝船、定價(jià)、開發(fā)票，以及消費(fèi)者查詢等。交易系統(tǒng)的特征是：格式規(guī)則化、通信交互化、交易批量化，以及作業(yè)逐日化。結(jié)構(gòu)上的各種過(guò)程和大批量的交易相結(jié)合主要強(qiáng)調(diào)了信息系統(tǒng)的效率。

第二層次是管理控制，要求把主要精力集中在功能衡量和報(bào)告上。功能衡量對(duì)于提供有關(guān)服務(wù)水平和資源利用等的管理反饋來(lái)說(shuō)是必要的。因此，管理控制以可估價(jià)的問(wèn)題為特征，它涉及評(píng)價(jià)過(guò)去的功能和鑒別各種可選方案。當(dāng)物流信息系統(tǒng)有必要報(bào)告過(guò)去的物流系統(tǒng)功能時(shí)，物流信息系統(tǒng)是否能夠在其被處理的過(guò)程中鑒別出異常情況也是很重要的。

第三層次是決策分析，主要把精力集中在決策應(yīng)用上，協(xié)助管理人員鑒別、評(píng)估、和比較物流戰(zhàn)略和策略上的可選方案。決策分析也以策略上的和可估價(jià)的問(wèn)題為特征。與管理控制不同的是，決策分析的主要精力集中在評(píng)估未來(lái)策略上的可選方案，并且它需要相對(duì)松散的結(jié)構(gòu)和靈活性，以便作范圍很廣的選擇。因此，用戶需要有更多的專業(yè)知識(shí)和培訓(xùn)去利用它的能力。既然決策分析的應(yīng)用要比交易應(yīng)用少，那么物流信息系統(tǒng)的決策分析趨向于更多地強(qiáng)調(diào)有效(effectiveness)，而不是強(qiáng)調(diào)效率(efficiency)。

最后一個(gè)層次是制定戰(zhàn)略計(jì)劃，主要精力集中在信息支持上，以期開發(fā)和提煉物流戰(zhàn)略。這類決策往往是決策分析層次的延伸，但是通常，更加抽象、松散，并且注重于長(zhǎng)期。